Pogoń wbrew pozorom nie grała zbyt często w lidze z Chemikiem Bydgoszcz. Historia rywalizacji mogilnian z „chemikami” zawiera tylko 10 spotkań. Wyniki poprzednich spotkań są na korzyść Chemika – zespół z Bydgoszczy wygrał 8 spotkań i tylko raz schodził z boiska pokonany – 12 maja 2007 roku. W ostatnim meczu pomiędzy drużynami z Mogilna i Bydgoszczy padł bezbramkowy remis. W meczach obu zespołów padała cała masa goli (średnio 4,33 bramki/mecz). Chemik strzelił Pogoni 34 bramki i stracił tylko 5.
Historia spotkań:
1974/1975 liga okręgowa
Zachem Bydgoszcz 4:1 Pogoń Mogilno (bramka Łucjan Malczewski)
Pogoń Mogilno 0:8 Zachem Bydgoszcz
1982/1983 liga okręgowa
Pogoń Mogilno 0:3 Chemik Bydgoszcz
Chemik Bydgoszcz 4:0 Pogoń Mogilno
2006/2007 IV liga
Chemik Bydgoszcz 2:0 Pogoń Mogilno 2:0
Pogoń Mogilno 3:1 Chemik Bydgoszcz (bramki: Leszek Arent, Dariusz Lewandowski, Maciej Hanczewski)
2007/2008 IV liga
Pogoń Mogilno 1:2 Chemik Bydgoszcz (bramka: Damian Malczewski)
Chemik Bydgoszcz 8:0 Pogoń Mogilno
2015/2016 IV liga (runda jesienna)
Pogoń Mogilno 0:2 Chemik Bydgoszcz
Chemik Bydgoszcz 0:0 Pogoń Mogilno