Pogoń Mogilno z zespołem z pobliskiego Janikowa rozegrała 25 spotkań w lidze. Większość z nich miała miejsce w latach siedemdziesiątych ubiegłego wieku.
Z Unią Janikowo Pogoń rozegrała 25 ligowych spotkań. Tylko trzy z nich wygrali pogoniści w pozostałych padło jedenaście remisów i jedenastokrotnie wygrywała Unia. Pogoń zdobyła 24 bramki tracąc aż 53 gole. Pierwszy raz zespoły spotkały się ze sobą w pierwszej kolejce sezonu 1964/1965. W rozgrywanym w Mogilnie meczu A-klasy padł remis 1:1 a bramkę dla mogileńskiego zespołu padła po samobójczym trafieniu zawodnika rywali.
W 1968 roku Pogoń zagrała z Unią Janikowo, Wdą Świecie i Nadwiślaninem Grudziądz w barażach zorganizowanych w związku z powiększeniem okręgówki z 14 do 16 zespołów. Drużyny rywalizowały systemem „każdy z każdym” grając na neutralnych boiskach o dwa miejsca w klasie okręgowej. Niestety Pogoń głównie przez porażkę 0:3 z Unią Janikowo zajęła trzecie miejsce.
Ostatni raz zespoły spotkały się ze sobą w lidze wiosną 1995 roku. Na stadionie w Mogilnie padł remis 2:2. Bramki dla Pogoni zdobyli Radosław Flitta i Maciej Grześkowiak . Pogoń zagrała w tym meczu z składzie: Tomasz Wieczorek, Sebastian Flitta, Cezary Dworek, Piotr Bielewicz, Mariusz Wojciechowski,Mariusz Grysak, Radosław Flitta, Tomasz Bosiacki, Grzegorz Rusak, Zbigniew Jendrzejczak, Maciej Grześkowiak oraz Maciej Kwiatkowski. Trenerem zespołu był Cezary Dworek
Ostatni raz Pogoń wygrała z Unią w czternastej kolejce sezonu 1982/1983.
Spotkania Pogoni z Unią Janikowo:
POGOŃ 1964/1965 A-klasa
POGOŃ 1:1 Unia Janikowo (Bramka: samobójcza)
Unia Janikowo 2:0 POGOŃ
1965/1966 A-klasa
POGOŃ 5:2 Unia Janikowo
Unia Janikowo 3:0 POGOŃ
1968 Baraże o udział w klasie okręgowej (powiększenie z 14 do 16 zespołów)
Unia Janikowo 3:0 POGOŃ (na neutralnym terenie)
1969/1970 A-klasa
Unia Janikowo – POGOŃ 3:0
POGOŃ – Unia Janikowo 0:0
1975/1976 A-klasa
Unia Janikowo 2:2 POGOŃ (bramki: Leszek Lewicki 2)
POGOŃ 1:1 Unia Janikowo
1976/1977 “okręgówka”
POGOŃ 0:0 Unia Janikowo
Unia Janikowo 4:0 POGOŃ
1977/1978 “okręgówka”
Unia Janikowo 2:2 POGOŃ
POGOŃ 2:0 Unia Janikowo
1978/1979 “okręgówka”
POGOŃ 1:0 Unia Janikowo
Unia Janikowo 2:0 POGOŃ
1979/1980 “okręgówka”
POGOŃ 1:1 Unia Janikowo
Unia Janikowo 3:0 POGOŃ
1980/1981 “okręgówka”
POGOŃ 1:2 Unia Janikowo
Unia Janikowo 3:2 POGOŃ
1982/1983 “okręgówka”
POGOŃ 2:2 Unia Janikowo (bramki: Edward Abram, Łucjan Malczewski
Unia Janikowo 0:1 POGOŃ (bramka: Andrzej Lewandowski)
1984/1985 “okręgówka”
Unia Janikowo 6:0 POGOŃ
POGOŃ 1:1 Unia Janikowo (bramka: Robert Baran)
1994/1995 “okręgówka”
Unia Janikowo 6:0 POGOŃ
POGOŃ 2:2 Unia Janikowo (bramki: Radosław Flitta, Maciej Grześkowiak)