W lidze Pogoń rozegrała tylko dziewięć spotkań z Polonią Bydgoszcz. Pierwsze starcie miało miejsce w sezonie 1974/1975.
Zespół z Bydgoszczy wygrał 5 spotkań, dwa razy padł remis, dwa razy wygrywała Pogoń.
Mecze Pogoni z Polonią Bydgoszcz:
1974/1975 klasa okręgowa
Polonia Bydgoszcz 10:0 Pogoń Mogilno
Pogoń Mogilno 0:3 Polonia Bydgoszcz
1994/1995 klasa okręgowa
Pogoń Mogilno 3:1 Polonia Bydgoszcz
(bramki: Tomasz Etmański, Mariusz Wojciechowski, Maciej Grześkowiak)
Polonia Bydgoszcz 4:1 Pogoń Mogilno
(bramka: Maciej Kwiatkowski)
1999/2000 klasa okręgowa
Pogoń Mogilno 1:1 Polonia Bydgoszcz
(bramka: Dariusz Kuryło)
Polonia Bydgoszcz 0:0 Pogoń Mogilno
2017/2018 IV liga
Polonia Bydgoszcz 1:0 Pogoń Mogilno
Pogoń Mogilno 0:2 Polonia Bydgoszcz
2018/2019 IV liga
Polonia Bydgoszcz 1:4 Pogoń Mogilno
(bramki: Jay Jaskólski x2, Krzysztof Szal, Wiktor Mrówczyński)