Pogoń wbrew pozorom nie grała zbyt często w lidze z Chemikiem Bydgoszcz. Historia rywalizacji mogilnian z “chemikami” zawiera tylko 9 spotkań. Wyniki poprzednich spotkań są na korzyść Chemika – zespół z Bydgoszczy wygrał 8 spotkań i tylko raz schodził z boiska pokonany 12 maja 2007 roku. W meczach obu zespołów padała cała masa bramek (średnio 4,33 bramki/mecz). Chemik strzelił Pogoni 34 bramki i stracił tylko 5.

Pierwszy mecz z Chemikiem Bydgoszcz miał miejsce jesienią 1974 roku w Bydgoszczy. Chemik grający wtedy jeszcze pod nazwą Zachem pokonał Pogoń 4:1, honorową bramkę zdobył ojciec Damiana Malczewskiego – Łucjan. Wiosną następnego roku Pogoń poniosła klęskę przegrywając 0:8. Wpływ na to miała kontuzja pierwszego bramkarza mogileńskiego klubu Zygmunta Chełmińskiego (na zdjęciu powyżej razem z Romanem Kucalem i Janem Michalczykiem) w 30 minucie musiał go zastąpić pozyskany przed sezonem z Unii Janikowo Zbigniew Wonorski – ojciec grającego trenera w sezonie 2008/2009 Pogoni Tomasza. Nierozgrzany Wonorski w pierwszej połowie wpuścił 3 bramki, a przerwie rywale dołożyli kolejne dwie.  Pogoń zakończyła ten sezon na ostatnim miejscu w lidze wojewódzkiej co skutkowało spadkiem do A-klasy

Po ponownym awansie do ligi wojewódzkiej w sezonie 1982/1983 Pogoń prowadzona przez Michała Olszewskiego przegrała z Chemikiem w Mogilnie 0:3. Wiosną już pod wodzą nowego trenera Alojzego Kmiecia z Inowrocławia przegrała w Bydgoszczy 0:4. Pogoń nie zdołała utrzymać się w lidze, a Chemik wspólnie z Goplanią Inowrocław zakończył sezon na pierwszym miejscu z dorobkiem 45 punktów (za zwycięstwo były przyznawane 2 punkty, dopiero od sezonu 1995/1996 za zwycięstwo przyznaje się 3 punkty) i imponującym bilansem bramkowym 81:8. Na koniec sezonu władze Okręgowego Związku Piłki Nożnej zdecydowały o konieczności rozegrania dodatkowego spotkania o awans do III ligi pomiędzy Chemikiem, a Goplanią. Na bosku w Szubinie w regulaminowym czasie gry padł remis 3:3 w rzutach karnych 6:5 wygrał Chemik, a decydującego rzutu karnego nie wykorzystał ojciec późniejszych piłkarzy Pogoni Łukasza i Damiana Kempskich.

Na kolejny mecz z Chemikiem Pogoń czekała ponad 20 lat. W swoim drugim sezonie po awansie do IV ligi (4 poziom rozgrywek) zespół Grzegorza Nowaczyka przegrał 30 września 2006 roku w Bydgoszczy ze spadkowiczem z III ligi 0:2. Wiosenny mecz był jednym z najlepszych w wykonaniu Pogoni w ostatnich latach i jedynym wygranym z Chemikiem Bydgoszcz. Przed meczem padał mocny deszcz, a Pogoń mogła rozpocząć od mocnego uderzenia – w 3 minucie piłka pod strzale Dariusza Lewandowskiego zatrzymała się na słupku bramki Chemika. Pogoń choć przed meczem skazywana była na porażkę w pierwszej połowie kilkakrotnie miała świetne sytuacje do zdobycia bramki. Worek z bramkami rozwiązał się w drugiej odsłonie meczu. Pięć minut po gwizdku oznaczającym rozpoczęcie 2 połowy bramkarza Pogoni Adriana Różyckiego przed utratą bramki uchronił słupek. W 54 minucie po uderzeniu Leszka Arenta Pogoń wyszła na prowadzenie. Do wyrównania doprowadził 8 minut później Robert Kawałek. Końcówka meczu należała do Po Pogoni – w 78 minucie Jacek Łukomski urwał się dwóm obrońcą Chemika dośrodkował z linii końcowej  na głowę Kornela Semenowicza, ten przedłużył szczupakiem lot piłki do Damiana Lewandowskiego i ten skierował piłkę do bramki. W 87 minucie na linii pola karnego falowany był Damian Malczewski, do piłki podszedł Maciej Hanczewski, który skierował piłkę pod porzeczkę. Sytuację próbował ratować bramkarz gości podbijając jeszcze futbolówkę, lecz tak nieporadnie że ta wpadła do bramki. Pogoń zagrała w tym meczu w składzie: Różycki – Arent, Modliński, Gorgoń, Łukomski, Czaplewski, Maciejewski (53′ Siwa), Hanczewski, Lewicki (71′ Semanowicz), D.Malczewski, Lewandowski (90′ Karol Kaźmierczak). Chemik zagrał w składzie: Deręgowski – Kaszyński, Raszka, Walda, Grodzki, Kawałek, Kroszel, Michaliszyn, Krzemiński (70′ Korecki), Zieliński, Bajor.

Następny sezon (2007/2008) przyniósł dwie porażki Pogoni. W Mogilnie zespół prowadzony przez Grzegorza Nowaczyka przegrał z walczącym o udział w barażach o II ligę (reforma rozgrywek) 1:2. Od 23 minuty Pogoń prowadziła 1:0 po bramce Damiana Malczewskiego, jednak w końcówce do głosu doszedł zespół gości – w 72 minucie do remisu doprowadził Adrian Raszaka, a w 81 minucie Mateusz Michaliszyn zapewnił Chemikowi komplet punktów. Wiosną Pogoń była kompletnie rozbita odejściem niemal całego trzonu zespołu odbiło się to na fatalnych wynikach zespołu. Drużyna prowadzona przez Cezarego Dworka przegrała na Glinkach aż 0:8 (0:2). Bramki dla Chemika zdobyli Karol Bilski 25′,30′, Jacek Szpejna 47′, Mateusz Kordowski 52′,68’, Dariusz Wolski 65′, Dariusz Wolski 72′, Jędrzej Florek 87′

Jesienią Chemik wygrał w Mogilnie 2:0 po bramkach Adama Kardasza oraz Roberta Kawałka. 

Historia spotkań:

1974/1975 liga okręgowa

Zachem Bydgoszcz 4:1 Pogoń Mogilno (bramka Łucjan  Malczewski)

Pogoń Mogilno 0:8 Zachem Bydgoszcz

 

1982/1983 liga okręgowa

Pogoń Mogilno 0:3 Chemik Bydgoszcz

Chemik Bydgoszcz 4:0 Pogoń Mogilno

 

2006/2007 IV liga

Chemik Bydgoszcz 2:0 Pogoń Mogilno 2:0

Pogoń Mogilno 3:1 Chemik Bydgoszcz (bramki: Leszek  Arent, Dariusz Lewandowski, Maciej Hanczewski)

 

2007/2008 IV liga

Pogoń Mogilno 1:2 Chemik Bydgoszcz (bramka: Damian Malczewski)

Chemik Bydgoszcz 8:0 Pogoń Mogilno 

 

2015/2016 IV liga (runda jesienna)

Pogoń Mogilno 0:2 Chemik Bydgoszcz