Większość spotkań Pogoni z Unią miała miejsce w latach siedemdziesiątych ubiegłego wieku. W rundzie jesiennej Pogoń przegrała w Janikowie 1:3.

Z Unią Janikowo Pogoń rozegrała 28 ligowych spotkań. Tylko cztery z nich wygrali pogoniści w pozostałych padło jedenaście remisów i trzynastokrotnie wygrywała Unia. Pogoń zdobyła 27 bramek tracąc aż 58 goli. Pierwszy raz zespoły spotkały się ze sobą w pierwszej kolejce sezonu 1964/1965. W rozgrywanym w Mogilnie meczu A-klasy padł remis 1:1 a bramkę dla mogileńskiego zespołu padła po samobójczym trafieniu zawodnika rywali.

W 1968 roku Pogoń zagrała z Unią Janikowo, Wdą Świecie i Nadwiślaninem Grudziądz w barażach zorganizowanych w związku z powiększeniem okręgówki z 14 do 16 zespołów. Drużyny rywalizowały systemem „każdy z każdym” grając na neutralnych boiskach o dwa miejsca w klasie okręgowej. Niestety Pogoń głównie przez porażkę 0:3 z Unią Janikowo zajęła trzecie miejsce.

Spotkania Pogoni z Unią Janikowo:

POGOŃ 1964/1965 A-klasa
POGOŃ 1:1 Unia Janikowo (Bramka: samobójcza)
Unia Janikowo 2:0 POGOŃ

1965/1966 A-klasa
POGOŃ 5:2 Unia Janikowo
Unia Janikowo 3:0 POGOŃ

1968 Baraże o udział w klasie okręgowej (powiększenie z 14 do 16 zespołów)
Unia Janikowo 3:0 POGOŃ (na neutralnym terenie)
1969/1970 A-klasa
Unia Janikowo – POGOŃ 3:0
POGOŃ – Unia Janikowo 0:0

1975/1976 A-klasa
Unia Janikowo 2:2 POGOŃ (bramki: Leszek Lewicki 2)
POGOŃ 1:1 Unia Janikowo

1976/1977 “okręgówka”
POGOŃ 0:0 Unia Janikowo
Unia Janikowo 4:0 POGOŃ

1977/1978 “okręgówka”
Unia Janikowo 2:2 POGOŃ
POGOŃ 2:0 Unia Janikowo

1978/1979 “okręgówka”
POGOŃ 1:0 Unia Janikowo
Unia Janikowo 2:0 POGOŃ

1979/1980 “okręgówka”
POGOŃ 1:1 Unia Janikowo
Unia Janikowo 3:0 POGOŃ

1980/1981 “okręgówka”
POGOŃ 1:2 Unia Janikowo
Unia Janikowo 3:2 POGOŃ

1982/1983 “okręgówka”
POGOŃ 2:2 Unia Janikowo (bramki: Edward Abram, Łucjan Malczewski
Unia Janikowo 0:1 POGOŃ (bramka: Andrzej Lewandowski)

1984/1985 “okręgówka”
Unia Janikowo 6:0 POGOŃ
POGOŃ 1:1 Unia Janikowo (bramka: Robert Baran)

1994/1995 “okręgówka”
Unia Janikowo 6:0 POGOŃ
POGOŃ 2:2 Unia Janikowo (bramki: Radosław Flitta, Maciej Grześkowiak)

2016/2017 IV liga
POGOŃ 1:0 Unia Janikowo (bramka: Damian Łuczak)
Unia Janikowo 2:1 POGOŃ (bramka: Krzysztof Szal)

2017/2018 IV liga

Unia Janikowo 3:1 POGOŃ (bramka: Wiktor Mrówczyński)