W lidze Pogoń rozegrała tylko osiem spotkań z Polonią Bydgoszcz. Pierwsze starcie miało miejsce w sezonie 1974/1975.

Zespół z Bydgoszczy wygrał 5 spotkań, dwa razy padł remis. Jedyne zwycięstwo Pogoń odniosła nad polonistami w 1994 roku, wygrywając w Mogilnie 3:1 (bramki: Tomasz Etmański, Mariusz Wojciechowski, Maciej Grześkowiak)

Mecze Pogoni z Polonią Bydgoszcz:

1974/1975 klasa okręgowa

Polonia Bydgoszcz 10:0 Pogoń Mogilno

Pogoń Mogilno 0:3 Polonia Bydgoszcz

1994/1995 klasa okręgowa

Pogoń Mogilno 3:1 Polonia Bydgoszcz

(bramki: Tomasz Etmański, Mariusz Wojciechowski, Maciej Grześkowiak)

Polonia Bydgoszcz 4:1 Pogoń Mogilno

(bramka: Maciej Kwiatkowski)

1999/2000 klasa okręgowa

Pogoń Mogilno 1:1 Polonia Bydgoszcz

(bramka: Dariusz Kuryło)

Polonia Bydgoszcz 0:0 Pogoń Mogilno

2017/2018 IV liga

Polonia Bydgoszcz 1:0 Pogoń Mogilno

Pogoń Mogilno 0:2 Polonia Bydgoszcz